Υποθέτω πως έχεις μία αλληλουχία DNA, πχ:
AGAGGATGGACAGGGTAGATTTTCACCCTAACTTATT
TCTCCTACCTGTCCCATCTAAAAGTGGGATTGAATAA
και ένα ολιγοπεπτίδιο, πχ το:
NH2-met-asp-arg-val-ser-pro-COOH
Και σου ζητάει να βρεις 5', 3' αμετάφραστες, εξώνια και εσώνια. Στην διάθεσή σου θα έχεις λογικά τον πίνακα με τον γενετικό κώδικα, αλλά για να μην σε παιδεύει λογικά θα δίνει σχέσεις, πχ:
GAC = asp
Υποθέτω ότι δεν σου δίνει καν 5' και 3' άκρα, κωδική, μη κωδική κλπ, θα τα βρεις μόνη σου. Ας ξεκινήσουμε λοιπόν!
Το πρώτο βήμα είναι να μετατρέψεις την αλληλουχία των αμινοξέων σου σε νουκλεοτίδια με βάση τον γενετικό κώδικα. Για αμινοξέα που έχουν πάνω από ένα συνώνυμο κωδικώνιο, γράφεις όλες τις παραλλαγές την μία κάτω από την άλλη, αλλά για απλούστευση (και στις πανελλαδικές) λογικά θα σου δίνει έτοιμα τα κωδικώνια που θέλει να χρησιμοποιήσεις. Έτσι, αν δίνονται ότι:
asp = GAC, arg = AGG, val = GTA, ser = TCA, pro = CCC
τότε μπορείς εύκολα να μετατρέψεις την αλληλουχία αμινοξέων:
met-asp-arg-val-ser-pro
σε τμήμα του ώριμου mRNA που προκύπτει από το γονίδιο. Συγκεκριμένα στο:
5' - AUG-GAC-AGG-GUA-UCA-CCC - λήξη - 3'
Τώρα, αφήνεις το τμήμα αυτό για επόμενη χρήση και πηγαίνεις στην δεδομένη αλληλουχία.
AGAGGATGGACAGGGTAGATTTTCACCCTAACTTATT
TCTCCTACCTGTCCCATCTAAAAGTGGGATTGAATAA
Σκοπός σου τώρα είναι να αναγνωρίσεις προσανατολισμούς, κωδ. έναρξης και λήξης. Για ευκολία έχω βάλει μόνο ένα κωδικόνιο έναρξης, αλλά η αρχή είναι ίδια. Επειδή υπάρχει μόνο ένα ΑΤG, αυτό πρέπει να είναι 5' - ΑΤG - 3' και ως συνέπεια ο προσανατολισμός των αλυσίδων είναι:
5'- AGAGGATGGACAGGGTAGATTTTCACCCTAACTTATT - 3' (κωδική)
3' -TCTCCTACCTGTCCCATCTAAAAGTGGGATTGAATAA - 5' (μη κωδική/μεταγραφόμενη)
Τώρα, στο πρόχειρο, αρχίζεις και 'αναγνωρίζεις' τις τριπλέτες που θέλεις συγκρίνοντας με το τμήμα RNA που 'αποκρυπτογράφησες' πάνω. Για ευκολία, ασχολείσαι μόνο με τον κωδικό κλώνο. Επίσης ψάχνεις για ένα οποιδήποτε κωδικόνιο λήξης (TAA, TGA, TAG στον κωδικό κλώνο του DNA)
5'- AGAGG-ATG-GAC-AGG-GTA-GATTT-TCA-CCC-TAA-CTTATT - 3'
Εύκολα βλέπεις ότι το εσώνιο 'αποκαλύπτεται', αφού δεν ταιριάζει με την αλυσίδα mRNA που θα περιμέναμε. Ομοίως εμφανίζονται οι 5' και 3' αμετάφραστες περιοχές.
Οπότε τι κάνεις? Καθαρογράφεις τις απαντήσεις (5', 3', εσώνιο, εξώνια, ΠΡΟΣΟΧΗ: μιλάμε για δίκλωνα τμήματα γονιδίου, όχι μόνο τον κωδικό κλώνο! Μην ξεχνάς προσανατολισμούς!), και αναφέρεις ΟΛΑ τα στοιχεία της θεωρίας που χρησιμοποίησες. Δεν μπορώ να σου πω ακριβώς τι θα γράψεις, αλλά σίγουρα θα αναφέρεις γενετικό κώδικα, συμπληρωματικότητα βάσεων, ασυνεχή γονίδια και ωρίμανση, αμετάφραστες περιοχές, και για 'ασφάλεια' την διαδικασία της μεταγραφής όπως αυτή αναλύεται στο βιβλίο.
Και έτσι λύνουμε ένα πιθανό τέτοιο θέμα! Μπορεί να γίνει πιο δύσκολο αν, πχ, δεν σου δίνει την μεθειονίνη (αφαιρέθηκε κατά την μεταμεταφραστική τροποποίηση, ομοίως και αν σου έλειπαν και άλλα αμινοξέα από το αμινικό άκρο όπως το ασπαρτικό οξύ στο παράδειγμα), σου δίνει γενετικό κώδικα (πονοκέφαλος αλλά η ίδια λογική) και αν έβαζε μέσα και κάποια μετάλλαξη σε επόμενο ερώτημα.
Σημείωση: Το μήνυμα αυτό γράφτηκε 10 χρόνια πριν. Ο συντάκτης του πιθανόν να έχει αλλάξει απόψεις έκτοτε.